- 百済寺本尊。全高3.2m。寺伝によると聖徳太子さまが百済博士の慧慈（高句麗僧）の案内でこの山中に分け入って来られ、杉の大木の上半分が、百済国・龍雲寺の御本尊十一面観音さま用に百済まで運び出された事を知り、下半分の根のついたままの巨木に十一面観音さまを刻まれたことから、別名『植木観音さま』という名で崇められています。秘仏のため、普段はお目にかかることができません。実物を拝むことができるのはおよそ半世紀に一度で、一生に一度拝観出来るか出来ないか。2006年には、天台宗開宗1200年記念で湖東三山一斉に御開帳されました。また、特例として2014年には湖東三山IC開設記念の御開帳も行われました。（奈良時代）
- 【秘仏】
仏像
十一面観世音菩薩(じゅういちめんかんぜのんぼさつ)別名「植木観音」
聖観音坐像（しょうかんのんざぞう）
天正元年（1573年）4月11日の信長による焼討ちの際、本尊とともに火難を逃れた数少ない仏像のうちのひとつで、「院派の銘作」と謳われます。（明応7年）
如意輪観音半跏思惟像（にょいりんかんのんはんかしいぞう）
- この像は素木の寄木造で、法衣に截金をおきます。
室町時代の明応7年に出火で堂塔が焼失しておりますが、膝裏に「奉造立 二臂如意輪像 明応八己未年四月二日 願主権律師源春 開眼灌頂阿闍梨圓信」と墨書銘があり、その翌年明応8年（1499）に新しくこの像が開眼されたことになります。
美仏の代表として聖観音坐像と同じく一生に一度は拝みたい仏さまです。（明応8年） - 【市指定文化財】
阿弥陀如来坐像（あみだにょらいざぞう）
百済寺本堂の厨子に安置されております。像は寄木造・漆箔・彫眼。
切れ長の眉と眼をもちふくらみのある面相部は、平安時代後期の定朝様式の特色をよくあらわしております。
どっしりと調和のとれた姿に、わたくしたちに心の安らかさを感じさせてくれます。（鎌倉時代）
金銅弥勒半跏思惟像（こんどうみろくはんかしいぞう）
- この像は、像高27cmの小金銅仏です。
制作年代については諸説がありましたが、飛鳥・白鳳時代作が最有力です。 百済寺の起源に係わる仏像として秘仏です。
平素は石垣参道左側の像高約3mの石像（平成12年9月建立）が拝観されます。（奈良時代） - 【市指定文化財・秘仏】
仏画・絵画
神馬図絵馬）（しんまずえま）
- 五穀豊穣を祈願する百済寺には、黒馬（雨乞い）と白馬（晴乞い）一対の大きな絵馬が本尊十一面観世音菩薩に奉納され、いづれも「天正十七年六月十八日」と明記されています。（天正17年）
- 【市指定文化財】
絹本著色日吉山王神像（けんぽんちゃくしょくひよしさんのうしんぞう）
- この図は大津坂本の日吉山王の二十一社の内上七社の本地仏形をもって社殿の配置に合わせておき、これに属する来社を垂迹の姿にして描き、全部で山王二十一社の神像を画面いっぱいに曼荼羅様式であらわしています。
画面には、神体山である八王子山（牛尾山）から大宮川までの広い範囲で、さらに神像以外に川にかかる橋や樹木など社域の景観も描き、当寺の模様を推察する上においても貴重な鎌倉時代の図です。（右：部分拡大）
- 【重要文化財・預託中】
三十六歌仙屏風 (さんじゅうろくかせんびょうぶ)
- 紙本着色の六曲屏風貼交（6曲2双36枚）で、その画風から桃山から江戸初期にかかるものだといわれております。
（桃山時代） - 【市指定文化財】
絹本著色如意輪観音像（けんぽんちゃくしょくにょいりんかんのんぞう）
- 寸法 縦 147cm 横 67cm。（南北朝～室町時代）
- 【預託中】
絹本著色黄不動尊像（けんぽんちゃくしょくきふどうそんぞう）
百済寺も僧の修行道場として多くの僧が修行した寺であった為に奥の院と言われる8粁山奥の不動堂にあって火災を免れたと思われる。南北朝時代のものと推定されている。（南北朝時代）
石曳図額 (いしびきずがく)
本坊喜見院の仏間にかけられた横183cm、縦96cmの板絵著色の額です。
大きな牛車に緞子を被せた巨岩を積み24人の石引き人が、軍扇をもった音頭取りの合図で引き、それを路傍で修験者らしい人、若衆らが口惜しそうに見ている図はなかなか動的で、また当時の築城風景を描いた風俗絵としても貴重なものです。
制作年代は、軍扇をもった音頭取りの衣装が南蛮服を着用していること、男達が腰に戦国期特有の「直刀」を挿していること等から安土・桃山時代と推定されています。
【特記】 ルイス･フロイスの記述および信長公記によると信長は、天正元年4月8日に百済寺に着陣し、11日に焼討するように命じました。この間安土城と天下構想を練り百済寺の焼跡から容赦なく石垣（湖東流紋岩）を崩して巨岩を安土山麓へ搬出したようです。石曳きの発着起点は百済寺（最後の山城）、終着点は安土城（最初の平城）で、この石の流れが中世から近世への移行を象徴的に示しています。搬出ルートは旧本堂から北西へ約10km延びて中山道と交差する「大門」（百済寺の入口、現在名：長野）経由と言われています。（桃山時代）
百済寺では、この搬出ルートを「石曳の道（StoneRoad）」と命名しています。なお、百済寺～大門の道（RiceWineRoad）と称しています。
その他の文化財
聖徳太子孝養像（しょうとくたいしこうようぞう）
- 寺伝によると落慶記念奉納品として、将軍から極彩色の『聖徳太子孝養像』が寄贈されました。この太子像は家光の乳母春日局（斎藤 福、1643年没）が生前に大奥で大切に拝んでいた像であると言われております。残念ながら、翌1651年に家光将軍も48歳の若さで病没しました。
紺紙金泥妙法蓮華経入黒漆蒔絵函（こんしきんでいみょうほうれんげきょういりくろうるしまきえばこ）
- 【重要文化財・預託中】
紺紙金泥妙法蓮華経（こんしきんでいみょうほうれんげきょう）
- 【県指定文化財・部分10巻・預託中】
- 紺紙金泥妙法蓮華経は、字のように紺紙の地に金泥の字で書写した経巻です。
それぞれ表紙の見返し絵には、細密な説相図が描かれており、函は袷せ蓋造りで、黒漆をぬった地に輪宝の蒔絵をほどこした秀品です。
10巻中の蓋裏には「応永十六年己丑二月十七日」の在銘があり、室町時代のものです。
金銅唐草文磬（こんどうからくさぶんけい）
- 磬は元来中国の古い楽器でしたが、のちに仏教寺院の仏事にとり入れられた道具で、撞座を中心に左右に文様がよく鋳出されています。百済寺の磬は、蓮弁の撞座、磬面にいっぱいの唐草文様を浮き出した優品です。
- 【重要文化財・預託中】
信楽古壺（舎利容器）（しがらきこつぼ）
口径9.5cm、高さ20.5cmの古壷は、本堂の横付近にあった塔跡の中心部から、昭和26年の発掘中に出土したものです。 塔の建立のとき舎利容器的な意味で、鎮壇のために入れられたと伝えています。
鎌倉時代の古信楽で、壷の中に宝玉が納められています。（鎌倉時代）
